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新中国成立以后，随着中医事业的发展，中医外科学也进入了一个崭新的历史发展时期，在队伍建设、人才培养、科学研究、专科专病建设等方面都取得了可喜的成就。
1954年首先在北京成立中医研究院。1956年开始，各地相继建立了中医学院，聘请了一批著名的中医外科专家到中医学院任教，开始较为全面系统地教授中医外科理论知识和临床经验。1988年南京中医学院还首次创办了中医外科专业，在中医外科学本科教育方面做了有益的尝试。近年来，许多中医研究单位或医疗机构都设有中医外科，有些地方还成立了中医外科的专病研究所或医院，为中医外科的临床实践及科学研究提供了基地。此外，中华中医药学会设有中医外科与相关学科的分会，为广泛开展中医外科学术交流，促进中医外科学术的繁荣创造了条件。
在人才培养和教材建设方面取得了显著成绩。几十年来，在总结历代医家外科专著的基础上，对中医外科学的理论体系及临床常见疾病的辨证论治规律进行归纳、总结，编写了中医外科学的系列教材。包括1960年《中医外科学简编》，1960年、1964年《中医外科学讲义》，1974年《中医外科学》，1980年《外科学》（中医专业用），1986年《中医外科学》（五版），1997年《中医外科学》（六版），均为全国中医院校中医外科学的统编教材。2002年在教育部、原卫生部、国家中医药管理局的指导下，组织全国中医院校外科专家编写出版了新世纪全国高等中医药院校本科规划教材（新一版）和21世纪课程教材《中医外科学》。2005年出版了普通高等教育“十五”国家级规划教材《中医外科学》（七年制），2007年出版了普通高等教育“十一五”国家级规划教材《中医外科学》（新二版）和全国普通高等教育中医药类精编教材《中医外科学》，2009年出版了首部研究生规划教材《中医外科临床研究》，2012年出版了全国高等中医药院校规划教材《中医外科学》（九版），在全国众多中医院校中使用，并作为国家中医药类执业医师考试和职称考试的参考用书。此外，部分中医药院校还自编了《中医外科学》教材，各具不同时期、不同地方的风格，均为中医外科学的发展与中医人才的培养做出了重要贡献。目前，中医外科学专业已有多个硕士培养点、博士培养点和博士后流动站，为培养中医外科高层次人才奠定了基础。
在临床方面也取得了很大进展，主要体现在一些特色鲜明、优势明显的专科专病的建设上，有些科研成果已达到世界先进水平。
中医中药治疗体表化脓性疾病，包括疽毒内陷、疔疮走黄、烧伤等外科危重急症，除有直接的抑菌和抗病毒作用外，更能调动机体抗病能力，通过促进非特异性或特异性细胞、体液免疫功能，间接杀灭病原体，清除毒素，从而促进机体恢复。在“祛腐生肌”理论的基础上，提出“祛瘀”“补虚”而“生肌”的治法，明显促进了下肢静脉曲张性溃疡、糖尿病性溃疡、化疗性溃疡、蛇伤性溃疡等难治性慢性溃疡的愈合。中药冲洗灌注加药捻疗法治疗感染、外伤和外科手术后等所形成的复杂性窦道或瘘管等，均取得了满意的效果。
中医中药防治乳腺增生病临床疗效良好，在疏肝解郁、理气止痛治法的基础上，20世纪60年代提出的调摄冲任法，进一步提高了临床疗效，研究证实能有效调节患者神经内分泌功能，减轻乳腺组织增殖。采用中医切开扩创法加拖线法等多种外治方法，配合分期辨证内治，治疗浆细胞性乳腺炎具有疗效好、复发率低、乳房变形少等优点。有关乳腺癌手术后的中医药调治也取得可喜进步，在减少因手术、放疗、化疗、内分泌治疗所产生的毒副作用，提高生存质量，减少复发转移等方面具有积极作用。
中医药防治肛肠疾病取得了显著成果，如切开挂线法治疗高位肛瘘，硬化注射法、套扎法治疗内痔等。近年开展了对复杂性肛瘘外科治疗最佳术式的临床研究及隧道式引流的研究，减少肛门瘢痕变形，保护肛门功能。痔上黏膜环切术是对内痔或以内痔为主的混合痔手术的改进，不仅缩短治疗时间，而且不损伤肛管衬垫。
中医诊治泌尿男性生殖系疾病进展迅速。20世纪70年代初采用中西医结合总攻疗法治疗尿石症，提高了排石率，缩短了疗程。对慢性前列腺炎的临床研究表明，瘀阻、湿热、肝郁及肾虚为其主要病理改变，治疗上无论病情如何变化，均宜佐以疏肝解郁之法；将其视为“内痈”，以疮疡理论指导治疗也获得满意疗效。对男性不育症的治疗，从补到攻补兼施拓展，以健脾益肾、活血养精之法治疗无症状性少精不育症已达成专家共识。在治疗性功能障碍和其他男性生殖系疾病方面，也取得了可喜成绩。
20世纪50年代开始从中医药治疗血栓闭塞性脉管炎，发展到治疗闭塞性动脉硬化症、糖尿病足等众多周围血管疾病，均显示出中医中药的综合优势。确立了活血化瘀的治疗总则和具有一定水平的辨证论治规律。将传统中药敷贴、溻渍与超声清创、负压吸引等进行有机结合，大大提高了创面愈合速度与效果。以中药内服为主导，必要时配合手术、介入等腔内治疗，有效改善了局部循环，降低了复发率和致残、致死率。
20世纪60年代中西医结合抢救大面积重度烧伤病例的成功，充分体现了中医药的巨大优势。中医“湿润疗法”治疗中小面积烧伤经验丰富，各地有许多不同组成、不同剂型的中草药制剂，临床疗效好、瘢痕少。中西医结合治疗毒蛇咬伤优势显著，中医药治疗毒蛇咬伤既可以有效地改善局部症状，又能明显减轻全身中毒症状，有中医药干预的综合治疗能明显提高患者治愈率和缩短治愈时间，降低患者死亡率、肢体伤残率和危重症发生率。
中医为主的中西医结合治疗急腹症取得显著成就。在“六腑以通为用”理论指导下，运用通里攻下、活血化瘀、清热解毒为主的治法，以中药口服或配合针刺、中药灌肠、中药腹部外敷等方法，治疗炎症性（急性阑尾炎、急性胆道感染、急性胰腺炎）、穿孔性（急性消化道穿孔）、梗阻性（肠梗阻、胆道梗阻）等疾病，探索了中医药治疗急腹症的指征选择、理法方药及作用机制研究等。
在皮肤病的治疗方面，通过不断挖掘与创新，应用中医药治疗湿疹皮炎、荨麻疹、银屑病、白癜风、黄褐斑、脱发等许多顽固性皮肤病都有明显疗效。在中医药治疗系统性红斑狼疮等结缔组织病中，雷公藤制剂等药物的运用对改善症状、调节机体免疫功能等均有很好的作用，也引起国外学者的关注。中医药对一些性传播性疾病的治疗也有一定作用，特别是从中草药中筛选抗艾滋病病毒及提高免疫功能的药物，以期有效地改善艾滋病患者症状，提高其生活质量，延长生存时间，将有着广阔的发展前景。
