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明代，中医外科学的发展达到了历史繁盛时期。外病内治方药丰富，中小手术技法巧妙，外科专著涌现，名医辈出。如薛己著的《外科枢要》，记载了诸多外科病的理论、经验、方药。汪机的《外科理例》，主张外科病治疗要调补元气为先，以消为贵，以托为畏，提出托里、疏通、和营卫三大治疗原则；并首创玉真散治疗破伤风。申拱辰的《外科启玄》因绘图较多，又称《图像外科启玄》，提倡外科手术疗法及煮针消毒，重视外科疾病的预防和早期治疗，改进吸脓方法等。但以陈实功的《外科正宗》成就最大。其他还有窦梦麟的《疮疡经验全书》、王肯堂的《疡医证治准绳》、张景岳的《外科钤》、陈文治的《疡科选粹》等各有特色。陈司成的《霉疮秘录》是我国第一部论述梅毒的专著，书中指出梅毒由性交传染且可遗传，并详细记录了应用砷、汞剂治疗梅毒的方法。
清代，中医外科学高度重视外病内治，方药疗法丰富。如祁坤的《外科大成》、陈士铎的《洞天奥旨》、吴谦等著的《医宗金鉴·外科心法要诀》、顾世澄的《疡医大全》等均有翔实的内容。而有独到见解、影响较大的当数王维德的《外科证治全生集》、高秉钧的《疡科心得集》。吴师机的《理瀹骈文》是外治法专著，该书集外治法之大成，主张以外治法通治内、外、妇、儿、伤、五官等科疾病。此外，还有余听鸿的《外证医案汇编》、马培之的《外科传薪集》。
近代张寿颐于1927年所著的《疡科纲要》，内容精当，立论、辨证、制方用药均有特色，对外科发展具有一定的影响。
明清时期，中医外科学术思想活跃，出现了不同的学术流派，最具代表性的外科三大学术流派为正宗派、全生派和心得派。
“正宗派”以明代陈实功的《外科正宗》为代表。该书细载病名，各附治法，内容丰富，条理清晰，体现了明以前外科学的主要成就，被后世医家评价为“列证最详，论治最精”，对中医外科学的发展影响深远。书中认为“痈疽虽属外科，用药即同内伤”，强调“治疮全赖脾土”，指出“盖脾胃盛者，则多食而易饥，其人多肥，气血亦壮；脾胃弱者，则少食而难化，其人多瘦，气血亦衰”。外治方面，其主张“使毒外出为第一”，常用刀针、扩创引流及腐蚀药清除坏死组织；外治法有熏、洗、熨、照、湿敷等，并记载了多种手术方法，如鼻息肉摘除术、气管或食管缝合术、下颌关节脱臼复位法等都很有实用价值。
“全生派”以清代王维德的《外科证治全生集》为代表。其主要学术思想为“阴虚阳实论”，创立了外科证治中以阴阳为核心的辨证论治法则，指出“红痈乃阳实之证，气血热而毒滞；白疽乃阴虚之证，气血寒而毒凝”。对阴疽的治疗，提出“阳和通腠，温补气血”的法则，并主张“以消为贵，以托为畏”，反对滥用刀针；创立了阳和汤、阳和解凝膏、犀黄丸和小金丹等治疗阴疽名方，至今仍广为运用。
“心得派”以清代高秉钧的《疡科心得集》为代表。高氏的学术思想为“外疡实从内出论”，对外科疾病病因病机的阐释，注重外证与内证的关系，指出“夫外疡之发也，不外乎阴阳、寒热、表里、虚实、气血、标本，与内证异流而同源者也”。并将温病学说引入外科疾病的诊治，在临证中善于应用治疗温病的犀角地黄汤、紫雪丹、至宝丹等治疗疔疮走黄。用分部辨证揭示了外科病因与发病部位的规律，指出“疡科之症，在上部者，俱属风温风热，风性上行故也；在下部者，俱属湿火湿热，水性下趋故也；在中部者，多属气郁火郁，以气火俱发于中也”。
