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晋代葛洪所著《肘后备急方》记载了许多简易有效的医方与外治方法。他提出用海藻治瘿，是世界上最早应用含碘食物治疗甲状腺疾病的记载；提出用狂犬脑组织外敷伤口治疗狂犬咬伤，开创了用免疫法治疗狂犬病的先河。由晋末刘涓子编著、南齐医家龚庆宣重新编次厘定的《刘涓子鬼遗方》是我国现存第一部外科学专著。书中主要内容是痈疽的鉴别诊断与治疗，并总结了许多治疗金疮、疮疖、皮肤病等经验，载有内治、外治处方140个；该书最早记载了用局部有无“波动感”辨脓，并指出破脓时切口应选在下方；首创用水银膏治疗皮肤病，比其他国家早了6个世纪。
隋代巢元方等所著《诸病源候论》是我国现存最早论述病因病理的专著，书中对许多外科疾病，包括40余种皮肤病的病因病理进行了阐述，已显示出一定的科学水平。如指出疥疮、癣由虫引起，对于炭疽的感染途径，认识到“人先有疮而乘马乃得病”；在“金疮肠断候”中已有肠吻合术的记载，如“肠两头见者，可速续之，先以针缕如法，连续断肠，便取鸡血涂其际，勿令气泄，即推内之”。说明当时腹部手术已有相当高的水平。
唐代孙思邈的《千金要方》是一部临床实用百科全书，书中记载的手法整复下颌关节脱位的方法与西医学的手法复位相似；而其用葱管导尿治疗尿潴留的记载，比1860年法国发明橡皮管导尿早1200多年；该书记载的脏器疗法，如食用动物肝脏治疗夜盲症等经验，被后世医家证实了其科学性及有效性。此外，王焘的《外台秘要》载方6000余首，其中有不少是外科方剂。
宋代外科医家在病机分析上重视局部与整体的关系，治疗上注重扶正与祛邪相结合、内治与外治相结合。《太平圣惠方》补充和完善了判断外科疾病转归及预后的“五善七恶”学说，提出扶正祛邪、内消托里等内治法则；该书还记载了用砒剂治疗痔核、用烧灼法消毒手术器械等。宋代外科专著颇多，其中《卫济宝书》专论痈疽，并记载了很多医疗器械，如灸板、消息子、竹刀、炼刀、小钩等的用法。李迅的《集验背疽方》，对背疽的病因、症状、治疗做了全面论述。陈自明撰《外科精要》，强调痈疽应根据脏腑经络虚实、寒热轻重辨证施治，重视整体疗法，载有托里排脓多个方药，至今仍在临床中应用。
金元时期的金元四大家对当时的外科学发展也有较大的影响。这一时期外科学的代表著作有朱震亨的《外科精要发挥》、齐德之的《外科精义》及危亦林的《世医得效方》。其中以《外科精义》影响较大，该书首次把26部脉象变化和外科临床紧密结合起来，强调外科整体观念；还指出外科病是阴阳不和、气血凝滞所致。《世医得效方》对医学各科均有论述，对骨伤科的贡献尤其重大，如提出的对脊柱骨折采用悬吊复位法、骨折整复愈合后功能锻炼法等；对手术麻醉药的组方、适应证、剂量均有具体说明。
