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金元四大家在儿科学方面有特长，其中刘完素主张用辛苦寒凉法治疗小儿热性病，张从正治热性病善用攻下，李杲重视调理脾胃。朱丹溪倡导小儿“阳常有余，阴常不足”，注重养阴，对于儿科尤有建树，著《幼科全书》，治疗痘疹时，折衷了钱乙善用抱龙丸、百祥丸、生犀散等之寒凉与陈文中喜用桂枝、附子、丁香等之温燥，取解毒、发表、和中三者兼用，影响后世医家，形成了儿科折衷学说。
元代名医曾世荣编著《活幼心书》《活幼口议》，详论初生诸疾，是中医新生儿学早期集中论述。曾世荣以调元散、补肾地黄丸治疗胎怯；归纳急惊风为“四证八候”，提出镇惊、截风、退热、化痰治法，立琥珀抱龙丸、镇惊丸等疗惊方；提出了“惊风三发便成痫”“瘀血成痫”等论点，对现今临床仍有指导意义。
明代儿科医家鲁伯嗣著《婴童百问》，将儿科病证设为百问，每问一证，究其受病之源，详其治疗之法。薛铠、薛己父子著《保婴撮要》，论儿科病证221种，列医案1540。其中论及小儿外科，皮肤、骨伤、眼、耳鼻咽喉、口齿、肛肠科病证70多种，脏腑、经络辨证用药，内治、外治、手术兼备，对中医小儿外科学的形成做出了重大贡献。
明代世医万全，字密斋，儿科著作有《万氏家藏育婴秘诀》《幼科发挥》《痘疹心法》《片玉心书》等。他倡导“育婴四法”，即“预养以培其元，胎养以保其真，蓐养以防其变，鞠养以慎其疾”，形成了中医儿童保健学的系统观点。他在朱丹溪学术思想基础上，系统提出了阳常有余，阴常不足，肝常有余，脾常不足，心常有余，肺常不足，肾常不足，即“三有余，四不足”的小
儿生理病理学说。《小儿药证直诀·五脏证治》曾提出：“脾主困……脾胃虚衰，四肢不举，诸邪遂生。”万全发展了钱乙的脾胃学说，进一步强调小儿“脾常不足”，指出“胃者主纳受，脾者主运化，脾胃壮实，四肢安宁，脾胃虚弱，万病蜂起。故调理脾胃者，医中之王道也；节戒饮食者，却病之良方也”(《幼科发挥·原病论》）。特别重视饮食调节对脾胃的重要性，在治疗方面“首重保护胃气”。万全处方用药精炼而切合病情，认为“大抵小儿易虚易实，调理但取其平，补泻无过其剂”(《幼科发挥·小儿正诀指南赋》），用药平和折衷。这些学术观点和临床经验，丰富了中医儿科学的学术内容。
王肯堂的《证治准绳·幼科》综述诸家论说，同时阐明已见，内容广博，是明代集幼科成的学术著作。张景岳的《景岳全书·小儿则》重视母乳与婴儿之间的关系，“大抵保婴之法……既病则审治婴儿，亦必兼治其母为善”；辨证重在表里寒热虚实；倡导小儿“阳非有余”“阴常不足”；治疗上认为“脏气清灵，随拨随应”。著名药物学家李时珍所著《本草纲目》中，搜集了防治儿科411种病证的方药，具有临床实用价值。
清代儿科医家秦昌遇是儿科折衷学说具有代表性的医家，撰《幼科折衷》专著以详述，为“幼科诸书，非偏寒偏热之误，便喜补喜泻之殊，予故僭而折衷之”(《幼科折衷·前言》）。夏禹铸著《幼科铁镜》，认为“小儿病于内，必形于外，外者内之著也”(《幼科铁镜·望形色审苗窍从外知内》）。首重望诊，主张望形色，审苗窍，从外知内，辨别脏腑的寒热虚实。《医宗金鉴·幼科心法要诀》立论精当，条理分明，既适用于临床，又适用于教学。谢玉琼的《麻科活人全书》是一部麻疹专著，详细阐述了麻疹各期及合并症的辨证和治疗。王清任《医林改错》记载了小儿尸体解剖学资料，提出“灵机记性不在心在脑”的观点，阐发了活血化瘀法在儿科紫癜风、疳证、小儿痞块等病证中的应用。
陈复正，字飞霞，于1750年著《幼幼集成》。他对于儿科诊法及內治诸法叙述皆详，搜集了不少单方验方和外治法。将指纹辨证方法概括为“浮沉分表里、红紫辨寒热、淡滞定虚实”“风轻、气重、命危”，至今为临床所采用。吴鞠通撰《温病条辨·解儿难》，指出“小儿稚阳未充，稚阴未长者也”的生理特点，“易于感触，易于传变”的病理特点，稍呆则滞、稍重则伤的用药特点，以及六气为病、三焦分证、治病求本等观点。论述精当，方药切用，对儿科外感、内伤疾病辨证论治具有指导意义。
明清时期，我国应用人痘接种预防天花已广泛传播。《博集稀痘方论》(1577年）有稀痘方，《三冈识略》 (1653年）载有痘衣法。《痘疹金镜赋集解》 (1727年记载，明隆庆年间 (1567—1572年），宁国府太平县的人痘接种法已盛行各地。后来，我国的人痘接种法流传到俄罗斯、朝鲜、日本、土耳其及欧非各国，较英国琴纳氏发明牛痘接种(1796年）早00多年，是世界免疫学发展的先驱。
清代后期，随着西医学传入我国，儿科界也开始有人提出宜中西医合参。何炳元的《新儿科诊断学》中除传统中医内容外，引入检诊一项，用于检查口腔、温度、阴器等的变化。
民国时期儿科疾病流行，许多医家勤求古训，融会新知，如徐小圃擅用温阳药回阳救逆、奚泳裳善取寒凉药清解热毒，分别传承了温补学说、寒凉学说，救治了许多时行病危重病证患儿，至今被广泛学习应用。
