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金元四大家掀起学术争鸣之风，遂致后世历代诸家，各抒己见，使中医的理论与实践日趋系统和完整，在中医学术界掀起了发展、创新的风气。如历代对中风之争，或言真中，或言类中，或言非风，越辨越明。又如对补脾、补肾及脾肾双补的推敲，使脾肾的生理、病理在人体中的重要性以及二者之间的联系也更加明确。再如对鼓胀的病机认识，从李东垣、朱丹溪的“湿热论”，到赵养葵、孙一奎的“火衰论”，再至喻昌的“水裹气结血凝论”，也是越分析越透彻，从而使这些理论能更好地指导临床实践，提高了治疗效果。
明代继承了金元的学术成就并有所发展。如薛己的《内科摘要》在学术上受李东垣善于温补的影响，而有所发展，是我国最早用“内科”命名的医书。虞抟的《医学正传》则发展了朱丹溪的学说。王纶明确指出：“外感法仲景，内伤法东垣，热病用河间，杂病用丹溪。”是对当时中医学术思想的总结。另外，龚廷贤所著《寿世保元》，先基础，后临床，先论述，后列方，并附医案，取材丰富，立论精详，选方切用，适于内科临床参考。《景岳全书》为纠正刘完素、张子和嗜用寒凉攻伐之偏，倡导人之生气以阳为主，指出人体“阳非有余，阴常不足”，力主温补之法，是书论内科杂病部分计28卷，记述70余种病证的证治，每病证均引录古说，参以己见。张景岳对内科许多病证病理之分析与归纳极为精辟，治疗方药也多有心得，在这部分内容中，张景岳结合病证对温补学说进行了充分的阐述。
明清时期，在医学史上具有特别突出地位的首推温病学说的形成和发展，它使内科学之外感病的理论与实践进入更高、更完善的境地。吴又可的《温疫论》，是我国传染病学中最早的专门论著，他认为瘟疫有别于其他热性病，它不因感受“六气”所致，而以感染“戾气”和机体机能状况不良为发病主因。并指出“戾气”的传染途径是邪自口鼻而入，无论老少强弱，触之皆病。这一认识，在我国医学发展史上是一个突破性的见解。叶天士的《温热论》为温病学的发展提供了理论与辨证的基础，其贡献在于：首先提出了“温邪上受，首先犯肺，逆传心包”之说，概括了温病的发病途径和传变规律；其次，根据温病的发病过程，分为卫、气、营、血四个阶段，表示病变由浅入深的四个层次，作为辨证论治的纲领；再者，在温病诊断上，总结前人经验，创造性地发展了察舌、验齿、辨别斑疹与白㾦的方法，为温病学说奠定了理论与实践基础。吴鞠通在叶氏学说基础上著成《温病条辨》，以三焦为纲，疾病为目，论述风温、温热、温疫等九种温病的证治，并提出清络、清营、育阴等各种治法，使温病学说更趋系统和完整，建立了温病辨证论治体系。此外，薛生白著《湿热病篇》，对湿温病进行了深入研讨；王孟英著《温热经纬》，将温病分为新感与伏气两大类进行辨证论治。也都对温病学说作了发挥和补充，促进了温病学说的发展。
在内科杂证方面，明清时期也有一定发展。喻昌《寓意草》中提出疾病发生与时代背景密切相关的观点，加深了对疾病发生本质的认识，故而提高了疾病诊疗和理论水平。另外，林珮琴的《类证治裁》强调治病要先识证和辨证，极为实用；熊笏的《中风论》、尤在泾的《金匮翼》对中风病的叙述，胡慎柔的《慎柔五书》、绮石的《理虚元鉴》对虚劳病的分析，卢之颐的《痎疟论疏》对疟疾的认识，都可称之为内科专病论著，具有一定的学术水平。此时，对血证的认识也有新的突破，王清任著《医林改错》，对瘀血证的论述有独到见解，所创立的活血化瘀诸方，特别是为气虚血瘀所制益气活血之补阳还五汤更属创举，直到今日，仍有很高的实用价值；唐容川的《血证论》是论述血证的专著，对血证的认识更加深入，并提出治血证四大要法，对后世影响较大。
鸦片战争以后，中国逐渐沦为半殖民地半封建社会，西医学传入我国，不可避免地影响了祖国传统医学的发展，所谓中西汇通派就是在这种条件下产生的。由于日中国反动统治阶级的昏庸与无能，不可能正确引导中西两种医学取长补短，相互为用，反而企图扼杀中医，是非常错误的。
中华人民共和国成立以后，在毛泽东主席的“古为今用，洋为中用”思想指引下，继承发扬中医学的工作不断取得新进展。中医院校和中医医院的建立，使内科学同其他各学科一样，取得日新月异的发展。
《中医内科学》统编教材的几次修订和使用，一些中医名家整理了自己的心得体会，著书立说，如秦伯未的《谦斋医学讲稿》、蒲辅周的《蒲辅周医案》《蒲辅周医话》、任应秋的《任应秋论医集》都有一定的见解和发挥。1983年的“衡阳会议”和1985年的“合肥会议”对振兴中医起了巨大推动作用，特别是中共中央书记处在关于卫生工作的决定中，明确指出：“要把中医和西医摆在同等重要的地位。一方面，中医药学是我国医疗卫生事业所独具的特点和优势，中医不能丢，必须保存和发展；另一方面，中医必须积极利用先进的科学技术和现代化手段，促进中医药事业的发展。”这一决定得到全国的响应，各类中医学校和中医医院像雨后春笋般地出现，中医药队伍不断成长，造就出一大批内科专业人才。由黄文东、方药中、邓铁涛、董建华等编著的《实用中医内科学》，简明实用，对内科学术的传播和推广起到了很大的作用。脑系疾病从心系、肝胆疾病分离出来，独立成章，有力地推动了学科分化，促进了脑病学科的发展。王永炎提出中风病病因证治，分风、火（热）、痰、瘀、虚；陈可冀主持的活血化瘀治则研究，丰富了心脑血管病治疗方法，促进了活血化瘀治则的研究进展；吴以岭络病论治及系列方药发展了叶天士治络方法，开拓了络病研究领域。随着科技进步，中医现代化的步伐加快，在继承历代医家学术思想和临床经验基础上，不断汲取现代医学科学发展所取得的新技术、新方法，中医内科学发展迅速，取得了新进展、新成就，更好地为临床实践服务，为中医走向世界创造了条件。
