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经隋至唐，由于中医学理论与临床的发展，医学教育也达到比较完善的程度。宫廷医学校的课程规定，必须先学《素问》、《神农本草经》、《脉经》等基础课，然后再学习包括内科在内的临床各科，以强化理论与实践之间的有机联系，亦可以看出内科在当时所处的位置和所具有的规模。隋唐时代，对内科中的多种疾病已有详细的论述，如对伤寒、中风、天行、温病、脚气病、地方性甲状腺肿等都积累了一定的治疗经验，对绦虫病、麻风、恙虫病、狂犬病的预防和治疗亦具有较高的水平。《外台秘要》已记载消渴病人的尿是甜的，对黄疸病及治疗效果的观察，提出“每夜小便中浸白帛片，取色退可验”。孙思邈进一步总结了消渴病的发病过程及其药物、食治等疗法，并规定了饮食、起居的某些禁忌。《诸病源候论》是我国现存最早的病因病理学及证候学专著，其中记载内科病27卷，内科症状784条，对每一个病证的病因、病理、证候分类进行了深入的探讨和总结。如对泄泻与痢疾、痰证与饮证，一反过去之统称而分别立论；对寸白虫的病因、疟疾的分类、麻风病的临床表现都具有极其深刻的认识。
宋代对于医学人才的选拔与培养比较重视，规定了各科人员之间的比例关系。《元丰备对》记载，宋神宗时“太医局九科学生额三百人”，分科中属内科的大方脉120人，风科80人，可见当时对内科之器重。从宋代起，金、元、明三代均设有大方脉科，这是治疗成人各种内科疾病的专科，促进了内科的进步。特别值得提出的是金元时代四大医家的出现，他们各自结合当时的社会背景、人体状况及发病特点，总结了具有特色的理论和治疗方法。刘完素对《素问》中五运六气学说有深刻的研究，他根据临床实践经验，参照《素问》病机十九条精神，认为“火热”是引起疾病的重要原因，故力倡火热致病学说，创立“火热论”。在治疗上，他极善于使用寒凉药物，故后人称之为“寒凉派”。张子和受刘完素的学术影响并加以发挥，认为疾病发生的根本原因全在于病邪之侵害，不论外因、内因致病，一经损害人体，即应设法祛邪外出，不能让其滞留体内为患。他把汗、吐、下三法广泛运用于临床，并有独到的见解。由于他治病以攻邪为主，后人称他为“攻下派”。李东垣生活于金元混战、社会动荡之年，人们饥寒交迫，民不聊生，体质虚弱，从而使脾胃在人体中的地位更加突出。所以，他指出“内伤脾胃，百病由生”，治病时则多用补气升阳的药物。由于他擅长温补脾胃，后世称他为“补土派”。朱丹溪研究了先世医家的学术思想和著作，熔各家学说于一炉，力倡“相火论”“阳有余，阴不足”两论。在治疗上，竭力主张滋阴降火之法，故后世称他为“滋阴派”。此四者形成了对后世影响极大的四大学派。
金元四大家及其弟子创建的四大学派，除了其本身的学术价值外，则是他们结合实践中出现的疾病，敢于和善于从临床到理论进行探索、总结，乃至提出自己的见解，证明了中医学发展过程中的内在联系即传承性，同时在传承过程中可以得到发展，这一点对后世具有极大的启迪。
金元时代的成就不仅限于金元四大家。与此同时，《圣济总录》有18卷专论诸风，反映当时对“风证”的研究已有一定的水平。张锐著《鸡峰普济方》，把水肿分为多种类型，根据起始部位的特征区别不同性质的水肿，施以不同治法。另外，还有一些内科专著问世，如宋·董汲著《脚气治法总要》，对脚气病的病因、发病情况、治疗方法均有详细论述，并订出64方，是一部现存较全面的脚气病专书。元·葛可久著《十药神书》，是一部治疗肺痨病的专著，书中所拟10方，分别具有止血、止嗽、祛痰、补养等作用，对肺痨全过程的分型和治疗总结了一套可以遵循的经验。
病因学在此时也有重要发展。宋·陈无择的《三因极一病证方论》在《伤寒论》病因分类的基础上，结合《黄帝内经》理论，创立外因、内因、不内外因的三因学说，此说概括性强，适于临证应用，沿用至今。
