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“文化大革命”时期，各级专业防治机构陷于瘫痪，卫生防治工作受到严重干扰。1966年，红卫兵大串联，人口流动频繁，引起了流行性脑脊髓膜炎（流脑）、疟疾等病的暴发流行。以防治与控制流脑为开端，各地传染病防治工作陆续开展、加强。
（1）流行性脑脊髓膜炎：1966年秋至1967年春，由于人口大量流动造成流脑等传染源的扩散，开始在各大城市暴发流行，以后又沿铁路、公路等交通线向中小城市及边远地区迅猛扩散。据统计，1966年发病率为110.34/10万，1967年高达403.94/10万，引起周总理和中共中央的关怀。随后中共中央发出防治流脑扑灭流行的紧急通知，卫生部和各地成立防治流脑办公室或指挥部，立即组织防治抢救队伍奔赴疫区，开展群防群治。流行势头被基本控制。1968年后，发病率逐年下降，到1973年降至11.86/10万。
（2）流行性乙型脑炎：在“文革”初期，出现了一次流行高峰，1971年再次出现高峰，发病率达20.92/10万。以后维持在一个较低的水平。1967年，我国开始使用研制成的地鼠肾细胞灭活疫苗，安全性和免疫性都较好。经过多年的现场调研和科学实验，确定了三带喙库蚊是本病的主要传播媒介，猪是乙脑病毒的主要扩散宿主。为有效地防治提供了科学依据。
（3）疟疾：1969年全国发病人数超过1000万，1970年发病率高达2961.10/10万。为控制这次大流行，各疟区，特别是各联防区，都建自上而下的防治网，认真贯彻以消灭传染源为主的综合性防治措施。至1976年，疟疾发病率降至470/10万。
（4）血吸虫病：钩端螺旋体病和丝虫病等虫媒传染病在“文革”期间疫情回升。1970年，中共中央要求疫区各级党委加强领导，扑灭疫情。对血吸虫病，从1970-1976年平均每年治疗现症病人100余万人，天螺26亿多平方米。对钩端螺旋体病，各地采取预防接种，改造疫源地，灭鼠保粮、圈猪积肥，加强个人防护等等综合性防治措施。1976年以后，疫情下降到最低水平。
（5）克山病：1968年国务院要求各病区必须做好防治工作。1973年，周恩来总理提出：要把克山病病因搞清楚。为此，组建了全国性的克山病病因研究协作组，展开了多学科、大规模的研究。七十年代以来，克山病发病人数逐年减少。
