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调整阴阳，使之保持或恢复相对平衡，达到阴平阳秘，是防治疾病的基本原则，也是阴阳学说用于疾病防治的主要内容。
指导养生：注重养生是保持身体健康无病的重要手段，而其最根本的原则就是要“法于阴阳”,“春夏养阳，秋冬养阴”，即遵循自然界阴阳的变化规律来调理人体之阴阳，使人体中的阴阳与四时阴阳的变化相适应，如以“春夏养阳，秋冬养阴”及“冬病夏治，夏病冬养”之法，调养“能夏不能冬”“能冬不能夏”之人。
确定治疗原则：阴阳偏盛的治疗原则是“实则泻之”，即损其有余。阳偏盛而导致的实热证，用“热者寒之”的治疗方法；阴偏盛而导致的寒实证，用“寒者热之”的治疗方法。若在阳盛或阴盛的同时，由于“阳胜则阴病”或“阴胜则阳病”而出现阴虚或阳虚时，则又当兼顾其不足，于“实者泻之”之中配以滋阴或助阳之品。
阴阳偏衰的治疗原则是“虚则补之”，即补其不足。阴偏衰产生的是“阴虚则热”的虚热证，治疗当滋阴制阳，《内经》称之为“阳病治阴”。阳偏衰产生的是“阳虚则寒”的虚寒证，治疗当扶阳抑阴，《内经》称之为“阴病治阳”。
阴阳互损导致阴阳两虚应采用阴阳双补的治疗原则。对阳损及阴导致的以阳虚为主的阴阳两虚证，当补阳为主，兼以补阴；对阴损及阳导致的以阴虚为主的阴阳两虚证，当补阴为主，兼以补阳。如此则阴阳双方相互资生，相互为用。
分析和归纳药物的性能：药物的性能，一般的说，主要靠它的气（性）、味和升降浮沉来决定，而药物的气、味和升降沉浮，又皆可以用阴阳来归纳说明。
药性，主要是寒、热、温、凉四种药性，又称“四气”，其中寒凉属阴，温热属阳。五味，就是酸、苦、甘、辛、咸五种滋味，辛、甘、淡三味属阳，酸、苦、咸三味属阴。升降浮沉，是指药物在体内发挥作用的趋向。升浮之药，其性多具有上升发散的特点，故属阳；沉降之药，其性多具有收涩、泻下、重镇的特点，故属阴。
