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中医药学发源于先秦之春秋战国，其理论体系的形成是在战国至秦汉时期，其理论的发展则又经历了两晋隋唐时期、宋金元时期、明清时期以及近代和现代，而每一阶段中医理论体系的发展，则又各有其特点。
（1）形成时间的界定
根据历史学界的考据和推断，中医学的理论体系最迟在战国至秦汉时期已初步形成。春秋战国时期，社会急剧变化，政治、经济、文化、科学技术都有显著的发展，学术思想亦比较活跃，特别是古代的唯物辩证法哲学思想的发展和不断成熟，当时即精气学说和阴阳五行学说，更是盛行。这种有利的客观形势及条件，为中医学理论体系的形成奠定了哲学基础，并为其丰富的医疗经验，从感性认识上升为理性认识，形成较为系统、完整的医学理论体系提供了理论方法和思想基础。而汉以前对临床诊治实践经验的系统总结和药物学知识的积累则又为医疗规律的探索奠定了科学基础。
（2）形成的基础和条件
中医学之所以能在战国至秦汉这个时期形成理论体系，其主要原因有如下几个方面：
1）长期医疗经验的丰富积累和总结
这是中医理论体系形成的实践基础。殷代甲骨文的考证表明，从公元前21世纪以后，随着长期医疗实践经验的积累，人们对于疾病的认识，亦逐步地广泛、系统和深化。例如关于病名的记载，除了部分疾病予以专门命名，如癥、疥、蛊、龋等，或以症状命名，如耳鸣、下利、不眠等外，大多则是以人体的患病部位而命名，如疾首、疾目、疾耳、疾鼻、疾身等。正如胡厚宣在《甲骨文商史论丛·殷人疾病考》中所说：“殷人之病，凡有头、眼、耳、口、牙、舌、喉、鼻、腹、足、趾、尿、产、妇、小儿、传染等16种，具备今日之内、外、脑、眼、耳鼻喉、牙、泌尿、妇产、小儿、传染诸科。”说明已具备了近代医学疾病分科诊治的雏形。
西周及春秋战国时期，对于疾病的认识进一步深化，古代文献中有关病名的统计分析表明，早在《山海经》中即已记载了38种疾病，其中以专用病名来命名者则有痹、风、疸、瘕、癥、疥、疯、疫等23种之多，以症状为病名者，亦有腹痛、嗌痛、呕、聋等12种。1973年底，长沙马王堆三号汉墓出土了战国时期的医学著作《五十二病方》，书中除载有较完整的52种病证外，还提到不少的病名，计有103个。而在战国以前的著作《诗》《书》《易》《礼》《春秋》等十三经中，据不完全统计，其所载病证名称，则已达180余种。这就说明当时对疾病的认识已相当深刻，并积累了较为丰富的治病经验，从而为医学规律的总结和理论体系的整理提供了资料，奠定了基础。
与此同时，中国古代医家在长期的医疗实践中逐步积累了药物学的知识，在当时的著作如《淮南子·修务训》《诗经》《山海经》《离骚》等书中，保留了丰富的药物学资料，如在《五十二病方》中其所用药物包括植物药、矿物药和动物药，即有247种之多。此外，在治疗手段上除药物疗法外，还创造了针砭、艾灸、醪醴、导引等疗法。另据《周礼·天官》所载，从周代起我国即有了初步的医学分科。如《左传》所记载的医和、医缓等人，即是当时专门以治病为职业的著名医生，而扁鹊则是这一历史时期著名的医学家。
2）古代社会科学和自然科学的相互渗透
从春秋战国到秦汉时期中华民族文化的发展呈现出“诸子蜂起，百家争鸣”的繁荣景象，众多学术流派，诸如儒家、道家、墨家、法家、阴阳家等，对天文、地理、社会等问题进行了广泛的探讨和交流，取得了显著的学术成就，从而为中医学理论体系的形成奠定了文化基础。而任何自然科学的发展，从来都是相互渗透、相互影响和相互促进的。中医学理论体系的形成和发展，与我国古代科学技术的发展是分不开的，如中国古代高度发展的天文学、历法学、气象学、地理学、物候学、声学、农学、数学以及生理学、解剖学等多学科知识对中医学的渗透和影响，或被吸收、移植和交融，均为中医学理论体系的形成奠定了科学基础。如医和所提出的“六气致病说”,就说明了当时的医家已经认识到自然界气候的异常变化对人体健康具有重要的影响。
3）古代哲学思想的深刻影响
自然科学是关于物质运动规律的知识体系。哲学是关于世界观和方法论的学说。任何一门自然科学的形成和发展都离不开哲学，必然要受到当时哲学思想的支配和制约，特别是中国古代社会哲学与自然科学密不可分，则尤为显著。中医学属于传统自然科学范畴，其理论体系的形成具有深刻的哲学渊源。古代医家在整理长期积累下来的医疗经验时，受到古代哲学思想的深刻影响，并有意识地运用了我国古代的唯物论和辩证法哲学观点，如精气学说（即气一元论）、阴阳五行学说等，这不仅为中医学提供了朴素的唯物辩证的自然观和生命观，而且亦确立了中医学整体综合的研究方法，运用宏观的、动态的、联系的观点去认识自然、认识生命，借以构建成独特的中医学理论体系，用以阐明人与自然、生命本质、健康与疾病等重大问题。古人通过实践，把散在的、零碎的医疗经验，通过整理和归纳总结，并加以分析研究，使之逐步系统化和完整化，从而升华为比较完整的医学理论体系。某些哲学理论内容，如精气学说、阴阳学说、五行学说等，已经淡化了其原有的哲学色彩，直接融合于中医学的理论体系之中，成为中医学理论体系中不可分割的有机组成部分。
（3）形成的标志和体系的确定
1）形成的标志
中医学理论体系的形成，以中医学经典医学文献《黄帝内经》一书的问世为标志。《黄帝内经》总结了春秋战国及秦汉时期的医疗经验和学术理论，并吸收了秦汉以前有关天文、历法、生物、地理、心理以及哲学等多学科的重要成就，从而初步形成了中医学独特的理论体系。《黄帝内经》及其重大的理论贡献，一直是中国医药学发展的理论基础和源泉，《黄帝内经》中的某些理论或观点至今仍在卓有成效地指导着中医学的临床实践。
《黄帝内经》一书，包括《素问》81篇和《灵枢》81篇。其内容是以精气学说、阴阳五行学说为理论方法，以整体观念为主导思想，用以阐释人体内在生命活动的规律性、人体与外在环境（自然界）的统一性。对人体的解剖形态、脏腑经络、生理病理，以及关于疾病的诊断和防治等各方面，都做了比较全面而系统的阐述。并对当时哲学领域中一系列重大问题，诸如气的概念、天人关系、形神关系等进行了深入的探讨。如在形态学方面，关于人体骨骼、血脉的长度、内脏器官的大小和容量等的记载，基本上是符合实际情况的，如食管与肠管的比例是1:35,现代解剖学则是1:37,两者非常接近。生理学方面提出“心主血脉”，已认识到血液是在脉管内循环运行的，且对动静脉也有一定的认识。以上这些关于血液循环的认识比英国哈维于公元1638年（明·崇祯元年）所发现的血液循环要早一千多年。
可以看出，《黄帝内经》以医学内容为中心，把自然科学与哲学理论有意识地结合起来，进行多学科的统一的考查和研究，因而其中许多理论观点已经具有较高的水平，对当时的世界医学做出了重要的贡献。特别是某些独特的理论认识，诸如“天人相应”的时间医学观点、人体脏腑多功能的系统认识，以及关于人体生理活动、病理变化的整体联系和相互影响等，直至今天，仍有其重要的研究和实用价值。
2）体系的确立
《黄帝内经》问世之后，《难经》的成书，并与《伤寒杂病论》和《神农本草经》一起，被历代医家奉为经典之作，并由此而确立了中医学独特的理论体系，对后世中医药学的发展产生了深远的影响。
《难经》成书于汉以前，相传为秦越人所著，全书以问答形式撰述（共81个问答），其内容包括了生理、病理、诊断及治则等各个方面的问题，并对三焦和命门学说，奇经八脉理论，以及虚则补其母、实则泻其子等治疗原则有所创见，尤其在脉诊和针灸治疗等方面有重大发展，从而能补《黄帝内经》之不足，成为当时可与《黄帝内经》相媲美的经典医籍，故亦成为中医学理论学说为理论之基础，并对后世各科的临床实践具有重要的指导意义。
《伤寒杂病论》是由东汉末年著名医家张仲景，在《内》《难》的基础上，总结前人医学成就，结合自己临证经验，写成的我国第一部临床医学专著。其倡导以六经辨证和脏腑辨证等方法，对外感疾病和内伤杂病进行辨证论治，从而确立了中医临床医学的辨证论治体系和理、法、方、药的运用原则，为后世临床医学的发展，奠定了良好的基础。该书后经晋代医家王叔和编纂整理成《伤寒论》与《金匮要略》两书。前书以外感病辨治规律阐述为主，后书则主要阐释内伤杂病的辨治规律。《金匮要略》书中，张仲景以脏腑病机理论进行证候分析，发展了《内经》的病因学说，指出“千般疢难，不越三条，一者经络受邪入脏腑，为内所因也；二者四肢九窍，血脉相传，壅塞不通，为外皮肤所中也；三者房室金刃虫兽所伤，以此详之，病由都尽”,给后世病因病机学的发展以深刻影响。
《神农本草经》成书于汉代，托名神农所著，为我国第一部药物学专著，书中收载药品365种，系统总结了汉代及汉以前药物学理论知识。该书根据养生、治疗和有毒无毒，将药品分为上、中、下三品，并根据功效分为寒、凉、温、热四性，以及酸、苦、甘、辛、咸五味，为后世中药学理论体系的形成和发展奠定了基础。
